В программах базового высшего образования заложена сквозная проектная деятельность в течение всего обучения. Модуль проектов направлен на формирование междисциплинарного инженерного мышления. В рамках работы в командах студентам предоставляется возможность освоить разные инженерные роли — конструктора, разработчика, управленца. Тематики проектов определяются в коммуникации с предприятиями промышленности, центрами компетенций и лабораториями МАИ.

Каждый студент выполняет комплексный дипломный проект, который интегрирует в себя проекты за весь период обучения. Отличительной особенностью новой системы является раннее начало работы над дипломным проектом и его реализация в командном формате.